Магистърска програма “Индустриална микробиология” е наследник на програмите “Микробни биотехнологии” (обучение от 2005/2006 до 2008/2009 г.) и “Биотехнологична микробиология” (обучение от 2009/2010 до 2018/2019 г.) .
Индустриалната микробиология, като дял от биотехнологията, в който микроорганизми или техни компоненти се използват за получаване на полезни за човек продукти в индустриални количества, намира все по-широко приложение при производството на антибиотици, витамини, аминокиселини, ензими, храни, горива. Основна цел на обучението в магистърската специалност е подготовката на квалифицирани специалисти за реализация в различни сектори на микробиологията и съвременните биотехнологии, свързани с производството на различни биопродукти, като фармацевтични средства, ензимни препарати, микробни-белтъчни продукти и други технологични производства основаващи се на биосинтетичните, биодеградационни или биотрансформационни активности на микроорганизмите.