На 01.07.1961 г., с Указ №264 на Президиума на Народното събрание, в Пловдив е открит Висш педагогически институт (ВПИ) по природо-математически науки. Това е началото на съществуването и функционирането на най-значимото висше учебно заведение в Пловдив и Южна България. Институтът е създаден с цел подготовка на учители в четири специалности – Математика, Физика, Химия и Биология.
Така, през 1961 г., започва историята и развитието на бъдещия Биологически факултет на ПУ „Паисий Хилендарски”. Оттогава в специалност “Биология” са създадени и първите катедри: Обща биология (1961) с ръководител проф. Ж. Ламбрев, Ботаника (1962) с ръководител доц. Д. Воденичаров, Геология (1962) с ръководител доц. З. Бонев (по- късно тя влиза в състава на Обща биология), Зоология (1963) с ръководител доц. П. Ангелов и Анатомия и физиология на човека (1963) с ръководител доц. Б. Полнарев.
През 1974 г. се създава катедрата по Физиология на растенията с ръководител доц. Кименов, през 1975 – по Биохимия и микробиология, с ръководител доц. Н. Янев и през 1989 – по Екология и ООС, с ръководител проф. Г. Бъчваров. През 1990 г. сe обособява самостоятелна катедра по Методика на обучението по биология с ръководител доц. Р. Ангелова.
През 1972 г. ВПИ се преобразува в Пловдивски университет “Паисий Хилендарски”, в който са обособени три факултета: Математически (1970), Физически и Химико-биологически (1974). Първите специалности в Химико-биологическия факултет са “Биология” и “Химия”.
Биологическият факултет съществува като самостоятелна единица от 1990 г. и негов първи декан е проф. д-р Димитър Воденичаров. От 1994 до 1999 г. декан на факултета е проф. дбн Благой Груев, от 1999 до 2007 г. – доц. д-р Атанас Донев, от 2007 до 2015 г. – проф. д-р Румен Младенов, а от 2015 г. факултетът е под ръководството на доц. д-р Соня Костадинова Трифонова.
Обучението на студентите в Химико-биологическия факултет първоначално се осъществява в три специалности – Биология, Химия и т. нар. Шести отдел (Биология и химия с тригодишен курс на обучение). От учебната 1984/1985 г. във факултета има две биологически специалности – “Университетска биология” и “Биология и химия” за подготовка на учители. През 1991 г. е открита специалност “Екология и опазване на околната среда”.
След 2000 г. са въведени специалностите Молекулярна биология (2001), Биоинформатика (2005), Медицинска биология (2009), Екология на биотехнологичните производства (2009), Биология и физика (2010) и Биология и английски език (2012).
През годините в Биологическия факултет работят висококвалифицирани преподаватели, изследователи и специалисти.